Warning: unlink(/srv/www/~/typo3conf/ENABLE_INSTALL_TOOL): Permission denied in /srv/www/~/typo3/install/index.php on line 60

Zumeist liegt der Fehler an der Datei selbst (falsche Codierung,... ). Einfach die Datei löschen und eine neue Textdatei mit diesem Titel erstellen "ENABLE_INSTALL_TOOL.txt" Dann auf den Server laden und zum Schluss mittels "Rename" das ".txt" enfernen. Schon sollte alles wieder klappen.

Seit Typo3 4.3.x ist diese Datei auch nur eine Stunde gültig und wird danach automatisch gelöscht. Also wachsam sein :)