Bei der Verwendung von Eclipse mit einem Server wie TomCat taucht beim Einbinden eines Projektes der Fehler "resource is out of sync with the file system" auf.

Zugrunde liegt das Problem das der Workspace nicht aktuell ist. Eine Datei wurde außerhalb von Eclipse gelöscht oder geändert und im Eclipse befindet sich ein älterer Stand.

Beheben lässt der Fehler sich indem man mit der rechten Maustaste auf das Projekt klickt und "Refresh" auswählt. Danach den Server neustarten.

Um zukünftig solche Probleme zu verhindern Setzt man den Haken im Menü "Window->Preferences->General->Workspace" bei "Refresh automatically".